本局四十年間稱為經建科，民國四十五年實施戰地政務，翌年分為經建科及農牧水利科，民國六十三年為貫徹中央精簡政策，裁併農牧水利科，改設為農林、漁牧、工程、工商四股，至八十二年配合戰地政務終止，改置為建設局，分設農林、漁牧、工務、工商、觀光五課，八十八年制定福建省金門縣政府組織自治條例修正後，改設建設、工務、觀光三局，於九十三年本局分設農林、漁牧、工商發展、建築管理、都市計畫五課。管轄農業試驗所、林務所、水產試驗所、畜產試驗所、動植物防疫所、陶瓷廠等六個單位，並輔導縣農會、區漁會、縣商業會、中小企業服務中心、工商策進會等五個單位。
103年配合縣府組織修編將建設局改為建設處，並設農林、漁牧、工商發展、建築管理、都市計畫及城鄉發展等六科，管轄農業試驗所、林務所、水產試驗所、畜產試驗所、動植物防疫所、陶瓷廠等六個單位，並輔導縣農會、區漁會、縣商業會、縣工業會、工商策進會等五個單位。